在真實世界泛癌症群體之同源重組缺陷的基因組和轉錄組模型的驗證

背景 隨著將 DNA 損傷療法帶入癌症治療標準，對於評估跨腫瘤類型的同源重組缺陷 (HRD) 狀態的預測型診斷的需求日益增長。 繼基於 DNA 定序的 HRD 檢測在卵巢癌中的效用的強有力的臨床證據以及在乳癌中越來越多的證據之後，我們提出了 Tempus HRD-DNA 檢測的分析驗證。 我們進一步開發、驗證和探索了 Tempus HRD-RNA 模型，該模型使用來自 16,750 個 RNA-seq 樣本的基因表達數據來預測多種癌症類型的福爾馬林固定石蠟包埋腫瘤樣本的 HRD 狀態。

方法 使用 Tempus xT、Tempus xO、Tempus xE、Tempus RS 和 Tempus RS.v2對 48,843 個樣本進行基因組和轉錄組的次世代定序分析。 根據樣本的 BRCA1、BRCA2 和選擇的同源重組修復途徑基因（CDK12、PALB2、RAD51B、RAD51C、RAD51D）突變狀態對樣本進行標記，以訓練和驗證 HRD-DNA、全基因組雜合性丟失生物標誌物和 HRD -RNA，一種對基因表達進行訓練的邏輯回歸模型。

結果 在 2058 例乳癌和 1216 例卵巢癌腫瘤樣本中，BRCA 狀態由 HRD-DNA 預測，F1 評分分別為 0.98 和 0.96。 在跨實體腫瘤類型的 1363 個獨立樣本，HRD-RNA 模型可預測前列腺癌、胰腺癌和非小細胞肺癌的 BRCA 狀態，F1 評分分別為 0.88、0.69 和 0.62。

結論 我們預測了許多癌症類型的 HRD 陽性患者，並相信這兩種 HRD 模型都可以推廣到 BRCA 丟失之外的其他 HRD 機制。 HRD-RNA 更加完善了DNA 的 HRD 檢測方法，特別是對於 BRCA 改變發生率較低的適應症。

查看文獻全文